Metodologia e Cooperação Científica é extremamente importante no decurso da produção do conhecimento científico.

 A instituição apoia-se neste sector cujas competências são as seguintes:

• Preparar e coordenar a participação do instituto em conferências e outros eventos nacionais e internacionais sobre investigação científica;
• Identificar e propor projectos de cooperação científica e parcerias com instituições congéneres nacionais e internacionais;
• Avaliar a execução de programas e projectos no âmbito da cooperação científica;
• Participar na procura de parcerias e financiamentos para os projectos científicos e programas de pesquisa do Instituto;
• Assegurar a prestação de informação regular e sistemática em matérias de implementação de projectos científicos no âmbito da cooperação nacional e internacional;
• Participar na elaboração dos planos anuais e plurianuais de cooperação;
• Participar na elaboração de protocolos de cooperação;
• Elaborar e propor acordos de cooperação com outras instituições;
• fectuar estudo, análise e sistematização de dados estatísticos sobre as matérias do Instituto;
• Propor a adopção e uso de metodologias de investigação científica única nos projectos de pesquisa do Instituto;
• Elaborar planos e executar programas e acções de acordo com as necessidades e prioridades estabelecidas pela área;
• Elaborar propostas do Cenário Fiscal do Médio Prazo, propostas do Plano Económico e Social, planos anuais de Actividades, operativos e os respectivos balanços.